Der Name Lupburg findet sich erstmals im Jahre 960. Urkundlich einwandfrei belegt ist 1129 ein Ludwig von Lupburg. Mit dem Tode des Konrad von Lupburg, der 1296 zum Bischof von Regensburg gewählt wurde, starb das Geschlecht der Lupburger aus.
In der Folgezeit war die Herrschaft und damit die Burg im Besitz des Hochstiftes Regensburg, das sie mit bischöflichen Pflegern besetzte. 1387 erwarb den Besitz der Herzog Friedrich von Bayern. Sein Nachfolger verpfändete Burg und Markt um 5000 Gulden an die Parsberger, in deren Besitz sie bis ins Jahre 1572 blieb. Von da an ging Lupburg an das Herzogtum Pfalz-Neuburg und wurde auch Sitz eines Pflegamtes mit Gerichtsbarkeit. Unter Pfalzgraf Phillipp Ludwig bekam der Ort am 21. Oktober 1586 erneut die Marktrechte mit Wappen verliehen. Mit dem Entstehen des Königreiches Bayern wurde das Pflegamt Lupburg im Jahre 1806 aufgelöst. Die Gemeinde hat sich danach selbst verwaltet, während die Burg zunächst in privaten Besitz, später an den Landkreis Parsberg überging.
Seit der Gebietsreform gehören auch die Gemeinden See und Degerndorf zum Markt Lupburg.
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